創(chuàng)建于1945年，再建于1976年，中國現(xiàn)代眼科之父郭秉寬教授曾擔任眼科主任。著名眼科專家倪逴教授、蔡松年教授、陳道瑜教授、黎勉勤教授和朱志忠教授等曾在眼科工作過或者擔任眼科主任?，F(xiàn)任主任袁非，主任醫(yī)師，博士生導師。眼科全年門診量5萬余人次，手術量超過2000臺。

眼科集醫(yī)療教學科研為一體，擁有當今世界上先進的眼病診斷和治療儀器設備，設有門診和病房，并擁有眼科診療中心和眼科實驗室，結合臨床工作，進行相關的研究。

1945年，陳道瑜、謝春泉和王漢英等來上海中山醫(yī)院創(chuàng)建眼科，何章岑兼任眼科主任。

1949年，郭秉寬擔任中山醫(yī)院眼科主任并兼原上海第一醫(yī)學院眼科教研室主任。

1950年，出版郭秉寬主編的《眼科學》，陳道瑜參加第一批抗美援朝醫(yī)療隊（隊長：黃家駟、錢德）。

1951年，胡茂生參加第二批抗美援朝醫(yī)療隊。

1952年院系調整，中山醫(yī)院眼科并入眼耳鼻喉科醫(yī)院眼科。

1976年，黎勉勤到中山醫(yī)院任眼科主任，重建眼科。開展白內(nèi)障囊內(nèi)（冷凍）摘除、視網(wǎng)膜脫離透熱電凝及鞏膜外加壓術、穿透性角膜移植、（早期）前房型人工晶體植入術和抗青光眼手術等。

1992年，朱志忠到中山醫(yī)院任眼科主任并兼原上海醫(yī)科大學中山臨床醫(yī)學院眼科教研室副主任。主持開展視網(wǎng)膜脫離的冷凝鞏膜外硅膠加壓術、顯微鏡下白內(nèi)障現(xiàn)代囊外摘除術、放射狀角膜切開術等。

1994年，開展白內(nèi)障現(xiàn)代囊外摘除術及I期后房型人工晶體植入術。

1996年，袁非留美回國出任眼科副主任。引進當時世界上最先進的眼科診斷治療儀器設備，建立中山醫(yī)院眼科診療中心。開展白內(nèi)障超聲乳化摘除術和眼底病的激光治療，眼病的熒光血管造影檢查、青光眼的全自動視野檢查等，躋身上海眼科界先進行列。

1997年,開展角膜屈光手術(近視、遠視和老視的手術治療，Mini–RK和手控式MLK)；眼底病的激光治療（主要是糖尿病性視網(wǎng)膜病變、視網(wǎng)膜裂孔和視網(wǎng)膜靜脈阻塞等）；白內(nèi)障超聲乳化手術。

1998年,袁非主持眼科工作，并兼眼科中心主任。在上海地區(qū)率先開展角膜矯形鏡（即OK鏡）治療近視眼，取得良好的臨床效果。開展角膜緣干細胞移植和羊膜移植，伴有虹膜睫狀體炎、瞳孔強直、虹膜后粘連的白內(nèi)障超聲乳化手術，伴有血壓難以控制、血糖控制不良、較嚴重的心肺疾患的白內(nèi)障手術，雙眼盲雙耳聾不能合作病，1999年，開展3.0毫米透明角膜自閉式切口的白內(nèi)障超聲乳化手術及折疊式人工晶體植入術，復雜條件下的白內(nèi)障超聲乳化手術及人工晶體植入術，白內(nèi)障摘除術后散光的控制。按照國際獅子會和我國政府組織的白內(nèi)障復明計劃，即“視覺第一，中國行動”計劃，派出醫(yī)療隊，到基層施行白內(nèi)障復明手術。

2000年,建立中山醫(yī)院眼科網(wǎng)站。

2001年，在國內(nèi)率先開展Array多焦點人工晶體植入手術、開展眼部整形美容手術，與本院相關科室協(xié)作進行糖尿病慢性并發(fā)癥的臨床科學研究。

2002年，原上海紡三醫(yī)院成為中山醫(yī)院分部，袁非兼分部眼科主任。席曉勍、巫立珂（分部）任眼科副主任。中山醫(yī)院眼科網(wǎng)站擁有獨立的國際域名.

2003年，在國內(nèi)率先開展可調節(jié)人工晶體植入手術。中山醫(yī)院眼科網(wǎng)站的國際域名變更為：WWW.ZSEYE.COM

2010年，與日本大阪大學眼科開展臨床學術交流合作，并結為“姐妹科室”。

2010年，眼科成為博士學位授予點。

2011年，袁非主任作為首支國家醫(yī)療隊隊長，將優(yōu)質醫(yī)療資源送到“老、少、邊、窮”地區(qū)。

2011年，復旦大學附屬中山醫(yī)院眼科成為上海市眼科住院醫(yī)師培養(yǎng)基地。