北京市回民醫(yī)院始建于1947年，其前身是中國(guó)回教協(xié)會(huì)北京分會(huì)創(chuàng)辦的“普慈施門診部”。1949年更名為北京市回民醫(yī)院，是一家具有民族特色的公立醫(yī)院。醫(yī)院歷史上經(jīng)過(guò)四次較大規(guī)模的改擴(kuò)建,逐步發(fā)展為科室齊全的中西醫(yī)結(jié)合（民族）醫(yī)院。
在1996年被評(píng)為二級(jí)甲等綜合醫(yī)院。2004年、2010年被授予北京市和國(guó)家級(jí)綜合醫(yī)院中醫(yī)藥工作示范單位；2007年成立北京市中西醫(yī)結(jié)合腦病診療中心；2008年經(jīng)市民委和市中醫(yī)管理局批復(fù)建立北京市回族醫(yī)藥研發(fā)基地和市級(jí)民族醫(yī)藥學(xué)科建設(shè)試點(diǎn)。2010年西城區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃，確定醫(yī)院為以回醫(yī)藥為特色的民族醫(yī)院。2013年向北京市中醫(yī)管理局提出申請(qǐng)轉(zhuǎn)型為中西醫(yī)結(jié)合（民族）醫(yī)院，同年得到了批準(zhǔn)。2014年與中央民族大學(xué)中國(guó)少數(shù)民族傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)研究院建立科研教學(xué)基地。2015年初，通過(guò)國(guó)家中醫(yī)藥管理局三級(jí)中西醫(yī)結(jié)合（民族）醫(yī)院等級(jí)評(píng)審，成為全國(guó)一家三級(jí)甲等中西醫(yī)結(jié)合（民族）醫(yī)院。2015年8月，成為了寧夏醫(yī)科大學(xué)教學(xué)醫(yī)院。醫(yī)院目前有三個(gè)市級(jí)重點(diǎn)?？?，分別為民族醫(yī)學(xué)科、神經(jīng)內(nèi)科（腦病科）、康復(fù)科。一個(gè)區(qū)級(jí)重點(diǎn)?？疲汉粑?。
目前醫(yī)院擁有南、北兩個(gè)院區(qū),位于全國(guó)聞名的回族聚居區(qū)-牛街。建筑總面積2.96萬(wàn)平方米，編制床位400張。                    
醫(yī)院設(shè)置了職能、臨床、醫(yī)技科室，其中臨床科室22個(gè)，醫(yī)技科室11個(gè)，職能科室16個(gè)。增設(shè)兒科門診、重癥醫(yī)學(xué)科及磁共振成像診療專業(yè)。
醫(yī)院現(xiàn)有醫(yī)療設(shè)備2387臺(tái)，總價(jià)值15963.86萬(wàn)元。中醫(yī)診療設(shè)備13大類20小類37種,總計(jì)136臺(tái)。2023年新增安寧療護(hù)設(shè)備、康復(fù)設(shè)備、眼科檢測(cè)設(shè)備、治未病中心中醫(yī)設(shè)備及重癥監(jiān)護(hù)室治療設(shè)備等109件新設(shè)備，總價(jià)值6730620.25元。
醫(yī)院始終堅(jiān)持為轄區(qū)居民及各民族群眾提供優(yōu)質(zhì)醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù),承擔(dān)了各民族重大活動(dòng)的醫(yī)療保障服務(wù)、少數(shù)民族國(guó)家和民間學(xué)術(shù)組織的外事接待任務(wù)，為北京市民族和諧穩(wěn)定發(fā)揮特殊的重要作用。曾多次獲得民族團(tuán)結(jié)先進(jìn)單位等榮譽(yù)稱號(hào)。
醫(yī)院作為臨床、教學(xué)、科研為一體的三級(jí)甲等中西醫(yī)結(jié)合（民族）醫(yī)院，始終秉承“以學(xué)科建設(shè)為關(guān)鍵，以人才建設(shè)為支撐、以文化傳承為動(dòng)力、以創(chuàng)新管理為保障”的辦院理念，今后將更好的為各族人民提供優(yōu)質(zhì)的醫(yī)療服務(wù)。